地下水の“熱”しか利用しませんので地下水汚染は生じません。変化するのは、ヒートポンプの入口（利用前）と出口（利用後）における地下水の温度だけです。なお、熱を利用した後の地下水を地表に放流する場合等においては、地下の状況により地盤沈下の可能性もありますので、注意が必要です。